Преку разните образовни системи се негувала и развивала научната мисла. Таа претставувала извесна надоградба за постиганата од минатото. Меѓу позначајните имиња од македонските интелектуалци, што твореле во Битола се споменуваат Димитар Македонски, Димитрија и Константин Миладиновци, Дијамандија Мишајков, Крсте П. Мисирков. Бележити достигања во развојот на научната мисла има и Друштвото за наука и уметност.

Просветата во овој град има долга традиција. Исто така и образованието и културата. Пронајдени се и зачувани бројни предмети и документи, кои го евидентираат минатото во овие области. Во црковните книги евидентирана е борбата за писменост, потоа се јавуваат градски народни училишта. Вистински препород и забележителен развој се доживува по ослободу­вањето на земјата. Битола стана општина со најразвиена мрежа на основни и разни видови средни училишта. Во 1979 год. формиран е и Универзитетот Св. Климент Охридски, кој на својот 20 годишен јубилеј трасира нова програма за развој.